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더 건강한 미래를 위한 신약 발견 앞당기기

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Nanome 및 Oculus의 VR 솔루션을 사용하여 혁신적인 약물을 설계하는 Nimbus Therapeutics

Nimbus Therapeutics가 Nanome 및 Oculus의 도움을 받아 미래의 약물을 개발하는 방법을 알아보세요.

Nimbus Therapeutics는 삶을 변화시키는 약물을 만든다는 목표를 가지고 초기 단계 신약 발견 및 개발에 집중하고 있습니다. Nimbus Therapeutics의 화학자들은 질병을 유발하는 것으로 알려진 단백질을 표적화하는 저분자 화합물을 설계합니다. (표적을 열쇠 구멍이 많은 자물쇠로, 화합물을 병을 완화하거나 질병을 치료하기 위해 자물쇠를 열 수 있는 열쇠로 생각해보세요.) 그런 다음 Nimbus의 생물학자들이 그러한 화합물을 세포와 동물을 대상으로 테스트하여 인간에 미칠 수 있는 영향을 확인합니다.
최근까지도 Nimbus의 루이스 화이트헤드(Lewis Whitehead) 박사를 비롯한 많은 컴퓨터 의약화학자들이 같은 팀에 있는 화학자 및 생물학자들과 분자 구조 설계를 공유할 좋은 방법을 찾지 못한 상황이었습니다. "제 머릿속은 온통 3D인데 동료들은 꼭 그렇지는 않더라고요."라고 화이트헤드 박사는 말합니다. 그는 최근 이러한 간극을 좁히기 위해 다양한 방법을 시도해보았습니다. 처음에는 3D 분자 모형을 보고 조작하기 위한 웹 기반 플랫폼을 만들었고, 그다음에는 팀과 함께 3D 안경을 쓰고 프로젝터를 사용해 큰 화면에서 구조를 살펴보기도 했습니다.
그러다가 2018년 American Chemical Society 컨퍼런스에서 분자 모형 제작을 위한 최첨단 가상 현실 솔루션을 개발하는 Nanome에 대해 알게 되었습니다. Nanome 팀은 그에게 시연용 Oculus VR 헤드셋을 건네주었습니다. "헤드셋을 쓰자마자 새로운 세상이 열리는 것 같았죠."
Nanome VR 솔루션은 화이트헤드 박사와 같은 컴퓨터 화학자들의 구조적 데이터와 시뮬레이션 알고리즘을 수집한 다음 이를 VR에서 3D 시각화 자료로 변환합니다. 이를 통해 과학자들은 분자 구조와 물리적으로 상호 작용하며 구조를 이리저리 움직이고 회전하여 기존의 2D 소프트웨어와 기타 시뮬레이션을 사용할 때 종종 놓치던 세부 사항을 확인할 수 있게 되었습니다. "저희는 화학자들이 단백질의 결합 자리라는 맥락에서 저분자를 만들 수 있는 몰입형 환경을 만듭니다." Nanome의 CTO인 샘 헤세나우어(Sam Hessenauer)의 말입니다. "마치 자물쇠 안쪽에서 열쇠를 만드는 것과 같죠."
NIMBUS, VR 투자를 통해

프로젝트 비용을 연간 수만 달러 절감하고

화합물을 더 빨리 출시하여 수익을 증대할 수 있을 것으로 예상
*출처: Nimbus

사무실 내 및 원격 협업 개선

코로나바이러스감염증-19(코로나19)로 인한 사무실 폐쇄 조치가 시행되기 전에 화이트헤드 박사는 Nanome을 통해 새로운 약물 표적 아이디어를 동료들과 나누기 시작한 상태였습니다. 이제 그는 많은 사람들이 모인 회사 회의실에서 흔히 쓰는 2D PowerPoint 슬라이드를 보여주는 대신 헤드셋을 쓰고 VR 시각화 자료를 동료들의 컴퓨터 화면에 공유합니다. "Oculus Quest 헤드셋을 쓰면 케이블이 필요하지 않고 물리적으로 컴퓨터에 연결되어 있을 필요도 없죠. 그래서 이 회의실에서 저 회의실로 옮겨 다니면서 프로젝트 팀과 함께 빠르게 시스템을 배포할 수 있어요."

비용 절감 및 중요한 발견 앞당기기

약물을 발견해 임상 시험을 거쳐 약국에 진열되기까지는 엄청난 시간과 비용이 듭니다. 하지만 VR은 Nimbus가 초기 일정을 단축하고 일부 제반 비용을 줄이는 데 도움이 되기 시작하고 있습니다. 최근 화이트헤드 박사와 그의 팀은 AMPKβ2 효소(대사성 질환에서 치료 표적으로 여겨지는 노드)를 검토하던 중 AMPKβ2의 큰 고분자 구조 내에서 약제 선택성을 위한 최적의 전략을 알아냈다고 생각했습니다. 하지만 Oculus Quest 헤드셋을 쓰고 Nanome을 통해 단백질 이동을 시뮬레이션하자 전략을 변경해야 하며 다른 합성 매개체가 더 큰 가능성을 보인다는 사실을 깨달았습니다.
"VR에서 이러한 구조를 살펴볼 수 있게 되자 다른 질문을 던지고, 추가적인 실험을 제안하고, 아이디어를 테스트해 과학의 진보를 이룰 수 있는 기회가 생겼어요." 화이트헤드의 말입니다. 임상 후보를 최대한 빨리 도출해내기 위해 12~18개월이 걸리는 '리드 최적화' 주기를 단축하려는 그의 팀에게 Nanome과 Oculus는 상당한 이점을 가져다줍니다. "AMPKβ2 예의 경우 저희는 화합물이 표적에서 더 활발히 작용하게 만들 수 있었습니다. 이런 결정은 연간 수만 달러를 절감할 수 있게 해주죠."

Nimbus의 능력

불가능한 시나리오도 가능하게

비용 절감

실시간 협업

Nanome with Oculus increases our ability to communicate and it increases our productivity. For a drug company to be running one of its chemotypes based on an idea we discovered in VR, well, there’s a lot of money being invested there.”

LEWIS WHITEHEAD, PhD
Nimbus Therapeutics 컴퓨터 화학 부문 이사
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